Son rôle consiste à éviter toute altération de la santé des travailleurs du fait de leur travail (article L. 241.2 du Code du travail). Il assure le suivi médico-professionnel de chacun des salariés des entreprises qui lui sont confiées.
Il consacre le tiers de son temps à des actions en milieu de travail (évaluation des risques, conditions d’hygiène et de sécurité, étude des postes de travail…).
Le décret du 28 juillet 2004 est venu bouleverser les modes de fonctionnement antérieurs en modifiant la périodicité des visites médicales pour permettre aux médecins du travail une présence plus importante en entreprise.
Cette réforme comporte bien des aspects positifs : priorité donnée à la prévention primaire (avant l’apparition des conséquences sur la santé des risques professionnels), approche pluridisciplinaire, participation à la veille sanitaire…