L’ACMS est dirigée par un Président (Jacques TEXIER), employeur, désigné par le Conseil d’administration et un Directeur général (Bernard GAÏSSET).
Depuis l’entrée en vigueur de la nouvelle réglementation, issue du décret du 28 juillet 2004, le Conseil d‘administration associe dix représentants des employeurs administrateurs élus et cinq représentants des salariés désignés.
Participent également au Conseil d'administration : Bernard GAÏSSET, Directeur général, Philippe GINOUX, Secrétaire Général, Gilles LECLERCQ, Médecin Conseil, Pierre GUINEL, Directeur du Service médical, Jean-Marc DECERLE, Directeur de la Coordination Pluridisciplinaire, Michèle MILLARD, Directeur administratif et social des secteurs et Bruno De THIEULLOY, Commissaire aux comptes.
Des représentants des médecins du travail participent au conseil d'administration avec voix consultative.